Beasiswa yang ada di SMP Salafiyah Kota Pekalongan adalah:
1. Beasiswa Program Peningkatan Akademik (PPA)
Beasiswa Program Peningkatan Akademik (PPA) ini diberikan kepada murid/santri SMP Salafiyah Kota Pekalongan yang memiliki peringkat terbaik di masing masing program keahlian/jurusan. Beasiswa PPA ini diberikan setiap 1 semester sekali. Beasiswa ini juga biasa disebut dengan rewards, bagi para murid yang menjuarai kejuaraan seperti POPDA, MAPSI baik di tingkat kota maupun provinsi. Rewards berupa gratis i’anah syahriah, ada yang 1 bulan, 2 bulan, dan 3 bulan, tergantung poin kejuaraan yang diraih oleh murid tersebut.
2. Beasiswa Program Indonesia Pintar (PIP)
Bantuan berupa uang tunai, perluasan akses, dan kesempatan belajar dari pemerintah yang diberikan kepada peserta didik dan mahasiswa yang berasal dari keluarga miskin atau rentan miskin untuk membiayai pendidikan. Beasiswa ini berasal dari Pemerintah Pusat yang diberikan kepada siswa/siswi yang berada pada keluarga yang kurang mampu secara ekonomi.
3. Beasiswa Bantuan Pemerintah Daerah
Beasiswa ini diberikan sebagai wujud komitmen Pemerintah Kota terhadap kelangsungan pendidikan masyarakat Kota Pekalongan melalui seleksi oleh DPRD dan Pemkot Kota Pekalongan.